Doğunun Limanları dokuz bölüm halinde yedi bölümü romanın kahramanı İsyan Kitapdar’ın anlattıklarından oluşuyor. Amin Maalouf , romanını 60’lı yılların sonuna doğru tanıştığı bir kişinin hayatından esinlenerek yazmıştır. Osmanlı hanedanına dayanan bir babanın ve Ermeni bir babaanne ve Yahudi bir kadının bir oğlu olan Kitabdar adlı kişinin doktor olmak için gittiği Fransa’da Nazilere karşı savaşan direniş örgütlerinin arasına katılması,sevdiği kadın ile evlenmesi fakat Arap İsrail savaşları yüzünden karısı ve kızından ayrılıp delirmesi ve en sonunda yeniden kavuşması üzerine kuruludur.
Roman da , insan ayrımına dair hepsine bir isyan içermektedir.
İnsanların kimlikleri ne olursa olsun hepsinin kardeşçe yaşamalarını vurgulamaktadır.